例えば、「～」や「ー」を、コメント欄に入れるとなぜか「?」と文字化けしてしまっていた。本文エントリーではなんともなかったのに。
この解決方法に関しては、現状の問題点に書いたとおり。そのままやったらうまくいきました。
やはりMySQL5の問題でした。
全てのバックアップ（エントリー、カテゴリ、テンプレート、imageファイル等）をとってから、xreaの管理画面に入って、データベースを開く。
以下手順。
1. MySQLのデータベース名等の下に 「作成」「削除」「変更」「保存」「復元」と５つボタンがある。仕方がないので、一旦削除をし、「unicode」で作成。
2. その後で、下の「PhpMyAdmin自動インストール(MySQL管理)」があるので、再インストールを。それからログインをして、「MySQL 接続照合順序」を、「utf8_general.ci」に変更。
3. mtを再設置。やれやれ。mt-db2sql.cgiを走らせてデータベースを再構築すると全く初期の画面に戻る。つまりログイン名とかも「Melody」に戻ってしまうのだ。これがわからなくて、私は「MT-Medic」を入手してやってしまった。
4. 無事にログインしたら、カテゴリ・テンプレートの復元と、エントリーの読み込み、その他設定（公開）や投稿者のメールアドレス等初期設定を全てすませて、あとは再構築をすればOK。
コメント欄の文字化けもなくなってます。
追記部分も問題なし。 「～」「ー」
